肺栓塞的预后情况因个体差异较大，通常与栓塞严重程度、治疗是否及时以及是否存在基础疾病等因素有关。大多数患者经过规范治疗可获得较好预后，但部分患者可能出现复发或并发症。
1、栓塞严重程度
小型肺栓塞经及时抗凝治疗后，多数患者预后良好，1~3个月血栓可逐渐溶解。但若发生大面积肺栓塞，可能导致急性右心衰竭、休克甚至猝死，此时即使积极抢救，死亡率仍高达30%以上。
2、治疗时机
发病后2小时内接受溶栓治疗的患者，血管再通率可达80%，肺动脉压可在72小时内显著下降。延迟治疗超过14天的患者，血栓机化风险增加，可能遗留慢性血栓栓塞性肺动脉高压。
3、基础疾病控制
合并恶性肿瘤患者的1年生存率约为50%，而存在严重心肺疾病患者3年内复发风险较健康人群高4倍。控制良好的高血压、糖尿病患者5年生存率可达75%，未控制者则下降至55%左右。
肺栓塞患者需严格遵医嘱使用抗凝药物，定期监测凝血功能。建议每3~6个月复查CT肺动脉造影，出现呼吸困难加重或胸痛需立即就诊。戒烟、控制体重、适度运动可降低30%~40%的复发风险。