生吃海蜇存在一定的安全隐患。海蜇可能携带寄生虫、细菌或残留毒素，若未经充分处理直接食用，可能引发胃肠道不适或更严重的健康问题。
海蜇体表常附着副溶血性弧菌等致病菌，这种细菌在生食情况下容易引发急性胃肠炎，出现腹痛、腹泻等症状。部分海域捕获的海蜇可能携带创伤弧菌，对免疫力低下人群可能造成致命感染。新鲜海蜇触手上的刺丝囊含有毒性蛋白，直接接触口腔黏膜可能引发灼痛、肿胀等过敏反应。传统食用方法需经过三矾处理，这个加工过程能有效脱去水分、中和毒素，但家庭自行处理往往难以达到食品安全标准。
建议选择正规厂家加工的即食海蜇产品，包装上应有SC食品生产许可证标识。若自行处理新鲜海蜇，需用饱和盐水反复浸渍至少3个月以上，并彻底冲洗去除明矾残留。食用后若出现唇舌麻木、呼吸困难等神经中毒症状，应立即就医处理。