黄芪和黄芩在治疗上的不同主要体现在性味归经、功效作用以及适用病症等方面。黄芪性微温，归脾肺经，具有补气升阳等作用；黄芩性寒，归胆胃经，以清热燥湿为主。
1、性味归经不同
黄芪味甘性微温，主归脾、肺经，其药性温和偏补，适用于气虚证。黄芩味苦性寒，主归胆、胃经，其药性寒凉偏泻，适用于实热证。两者归经的差异决定了其作用脏腑的不同。
2、功效作用差异
黄芪以补气升阳为核心功效，能益卫固表改善自汗，利水消肿治疗气虚水肿，托毒生肌促进疮疡愈合。黄芩以清热燥湿为主要作用，可泻火解毒缓解高热烦渴，凉血止血用于血热出血，还能安胎治疗胎动不安。两者一补一泻，作用方向截然相反。
3、适用病症区别
黄芪常用于脾胃虚弱导致的食少便溏、中气下陷引起的内脏下垂、肺气虚所致的咳喘乏力。黄芩多用于湿热导致的黄疸泻痢、肺热咳嗽痰黄、少阳证寒热往来等实热证候。两者在气虚证与实热证的应用上形成鲜明对比。
使用这两种药物时需严格辨证，气虚兼有实热者可在医师指导下配伍使用。注意黄芩苦寒易伤脾胃，脾胃虚寒者慎用；黄芪温补可能助火，阴虚阳亢者不宜单独使用。具体用药方案应经专业中医师诊断后制定。