灌肠操作在规范进行的情况下一般不会引发肠道感染，但若操作不当或频繁进行可能增加感染风险。肠道感染的发生通常与器械污染、操作者技术不成熟或肠道黏膜受损有关。
规范操作的灌肠通常由专业医护人员使用严格消毒的器械完成，能够有效避免细菌侵入肠道。例如，在医疗场景下，灌肠液会经过无菌处理，导管等器械也需符合消毒标准，此时感染概率较低。若操作者未正确清洁器械或未遵循无菌原则，可能导致致病菌（如大肠杆菌、沙门氏菌）进入肠道。此外，频繁灌肠可能破坏肠道正常菌群平衡，削弱黏膜屏障功能，使病原体更易定植。
进行灌肠应选择正规医疗机构，避免自行操作或在不洁净的环境下实施。若灌肠后出现腹痛、发热、持续腹泻或血便等症状，需及时就医排查感染可能性。日常还需注意保持肛门清洁，避免过度刺激肠道黏膜。