灌肠对肠道健康的影响需根据操作方式和频率进行判断。适当医疗操作可能缓解症状，但频繁或不当使用可能引发不良影响。
医疗灌肠在医生指导下通常用于治疗严重便秘或术前准备，短期使用可软化粪便、促进排泄。但过度依赖可能削弱肠道自主排便功能，导致肠道肌肉张力下降，形成依赖性便秘。清洁灌肠若操作不当可能损伤直肠黏膜，增加感染风险，非灭菌液体灌入可能破坏肠道菌群平衡，影响营养吸收和免疫功能。
其他潜在风险包括电解质紊乱，频繁灌肠可能造成钾、钠等电解质流失，引发心律失常或乏力等症状。温度控制不当的灌肠液可能刺激肠壁痉挛，长期高温刺激甚至可能引起局部组织损伤。肠道敏感人群可能出现腹胀、腹痛等不适反应。
建议严格遵循医嘱进行医疗灌肠，避免自行清洁灌肠。进行灌肠治疗时应使用专用器械和适宜液体，控制灌注速度和压力。出现持续腹痛、便血等情况需立即就医，日常可通过增加膳食纤维、规律作息维护肠道健康。