灌肠可能会引起腹痛，但多数情况下属于暂时性反应。如果操作不当或存在肠道病变，也可能导致较明显的腹痛，需及时就医处理。
灌肠过程中，液体注入可能刺激肠道蠕动加快，引发短暂腹痛或腹胀，通常排便后即可缓解。此类腹痛程度较轻，持续时间短，一般无需特殊处理。若液体温度过低、流速过快或压力过高，可能加剧肠道痉挛，导致疼痛感增强，调整操作参数后多可改善。
部分异常情况如肠道黏膜损伤、穿孔或感染，可能引发持续性剧烈腹痛，并伴随发热、便血等症状。此类情况需立即停止灌肠，并就医进行肠镜、腹部CT等检查，明确损伤程度后给予抗感染、止血或手术治疗。此外，严重肠道炎症或梗阻患者灌肠时，可能因压力变化诱发肠管扩张，加重病情。
进行灌肠应选择正规医疗机构，由专业人员评估适应症并规范操作。灌肠后出现轻微腹痛可暂时观察，适当热敷腹部促进缓解。若疼痛持续加重或伴随其他异常症状，需警惕并发症可能，及时就诊检查。日常避免频繁灌肠，以免破坏肠道正常菌群及黏膜屏障。