痢疾粪便中的阿米巴主要指溶组织内阿米巴，其特点是引起阿米巴痢疾的病原体。此类阿米巴在粪便中的形态、活动性及伴随症状与其他肠道疾病存在差异，需结合实验室检查明确诊断。
溶组织内阿米巴在粪便中可呈现滋养体和包囊两种形态。滋养体常见于急性期患者的黏液血便中，直径约20-40微米，运动活跃，胞质内可见被吞噬的红细胞，这一特征是与其他非致病性阿米巴鉴别的重要依据。包囊则多见于慢性感染者或带虫者的成形粪便中，呈圆形，直径10-16微米，含1-4个细胞核，成熟包囊具有4核结构，对外界环境抵抗力较强。
阿米巴痢疾的粪便性状具有特征性，通常呈暗红色果酱样，伴有腐败腥臭味，血液与黏液混合均匀。这与细菌性痢疾的鲜红色脓血便、里急后重感显著不同。显微镜下可见大量凝集成团的红细胞，白细胞相对较少，且无病原菌大量增殖现象，夏科-雷登结晶的出现可辅助诊断。
确诊需依赖病原学检查。新鲜粪便样本需在30分钟内送检，采用生理盐水涂片法观察活动的滋养体，或通过碘液染色、三色染色法识别包囊。分子生物学检测如PCR技术可提高特异性。若高度怀疑阿米巴感染但常规检查阴性，可进行血清学抗体检测或结肠镜活检。
出现疑似阿米巴痢疾症状时，应及时到感染科或消化内科就诊，避免自行使用止泻药物掩盖病情。治疗需在医生指导下规范使用甲硝唑、二氯尼特等抗阿米巴药物，并注意补充水分及电解质。慢性感染者需定期复查粪便，确保彻底清除病原体。