间质瘤的恶性几率通常与肿瘤大小、发生部位、核分裂象等因素有关，不同情况下恶变风险可能存在差异。根据现有研究，胃肠道间质瘤的恶性率约为10%-30%，但实际概率需结合具体病例评估。
1、肿瘤大小
直径小于2厘米的间质瘤多为良性，恶性风险低于5%。当肿瘤超过5厘米时，恶性概率可上升至30%-50%。肿瘤体积越大，细胞增殖活性通常越强。
2、发生部位
发生于胃部的间质瘤恶性率相对较低（约10%-20%），而小肠、结直肠等部位的间质瘤恶性风险较高。食管间质瘤较为罕见，但生物学行为多倾向恶性。
3、核分裂象
每50个高倍视野下核分裂数超过5个时，提示细胞分裂活跃，此时恶性概率可达50%以上。病理检查中核分裂象计数是判断预后的关键指标。
4、基因突变类型
c-KIT基因外显子11突变型间质瘤预后较好，PDGFRA基因突变型（尤其是D842V突变）可能对靶向治疗耐药，这类患者的肿瘤更具侵袭性。
若发现间质瘤，建议尽早进行超声内镜、CT等影像学检查，并通过病理活检明确肿瘤危险度分级。确诊后应根据医生建议选择手术切除或靶向药物治疗，定期随访监测病情变化。