头孢克肟一般可以用于治疗细菌感染引起的扁桃体炎，但需根据病原体类型及药物敏感性判断。该药物属于第三代头孢菌素类抗生素，对多种革兰氏阳性菌和阴性菌均有抗菌活性。
细菌性扁桃体炎常见病原体为A组β溶血性链球菌，头孢克肟对此类细菌感染有效时可作为治疗选择。若为病毒性扁桃体炎或由产β-内酰胺酶菌株引起的感染，则可能不适用。临床使用前需通过咽拭子培养明确致病菌，并参考药敏试验结果选择敏感抗生素。对于青霉素过敏患者需谨慎，存在交叉过敏反应风险。
使用抗生素治疗需严格遵循医嘱，完成规定疗程以避免耐药性产生。若用药后出现皮疹、呼吸困难等过敏症状或持续发热超过3天，应立即停药并就诊。治疗期间建议多饮水，保持口腔卫生，避免刺激性食物。