充盈缺损通常需要结合影像学检查、内镜检查以及病理学检查等方式进行综合诊断。不同部位的充盈缺损可能对应不同的检查方法，需根据具体情况由医生判断。
1、X线造影检查
X线造影是发现充盈缺损的常用方法，例如消化道钡餐、泌尿系造影等。通过口服或注射造影剂后拍摄X光片，可以清晰显示器官轮廓是否完整。当存在肿瘤、息肉或结石时，造影剂无法填充该区域，会在影像上形成黑色阴影。该方法具有操作简便、费用较低的特点，常作为初步筛查手段。
2、CT检查
计算机断层扫描能提供横断面图像，尤其适用于实质性脏器如肝脏、胰腺等部位的检查。增强CT通过静脉注射碘造影剂，可区分血管性病变与占位性病变。对于直径大于1厘米的病灶检出率可达90%以上，还能评估病变与周围组织的解剖关系，为手术方案提供参考依据。
3、内镜检查
胃肠镜、膀胱镜等内窥镜检查可直接观察黏膜表面异常。当发现可疑病变时，可通过活检钳获取组织样本进行病理学检查。该方法不仅能确认充盈缺损的性质（如炎症、肿瘤或血管畸形），还能在检查过程中处理部分病变，如切除息肉或止血。部分新型内镜配备超声探头，可同步进行超声内镜检查。
若影像学检查发现异常，应及时到消化内科、泌尿外科等相关科室就诊。医生会根据病变部位、患者症状以及基础疾病等因素，选择最适宜的检查组合。所有侵入性检查均需严格评估适应证，检查前后要遵循医护人员指导做好准备工作。