复方氯己定含漱液对预防龋齿可能有一定辅助作用，但并非主要预防手段。龋齿的发生与牙菌斑中致龋菌代谢产酸密切相关，而该含漱液的核心成分氯己定具有广谱抗菌性，能抑制部分口腔细菌的繁殖。
复方氯己定含漱液中的氯己定成分可通过破坏细菌细胞膜结构，干扰其代谢活动，从而减少牙菌斑的形成量。对于变形链球菌等致龋菌，虽然氯己定不能完全杀灭，但能降低其活性。这种抑菌作用可能间接延缓龋齿发展，特别是在牙龈炎合并龋病风险时，其辅助效果更为明显。需注意的是，长期使用可能导致口腔菌群失衡，反而影响口腔微生态环境。
预防龋齿更有效的方式是使用含氟牙膏，氟离子能与牙釉质羟基磷灰石结合形成更耐酸腐蚀的结构。建议每日至少两次正确刷牙，配合牙线清洁邻面，每半年接受专业口腔检查。若存在高龋风险，可在医生指导下短期使用含氯己定制剂辅助控制菌斑，但不宜作为常规防龋手段长期依赖。