复方氯己定含漱液一般不能直接治疗口腔念珠菌感染，但可能对合并细菌感染的情况有一定辅助作用。该疾病需以抗真菌药物为主进行治疗，具体用药应遵医嘱。
复方氯己定含漱液的主要成分为葡萄糖酸氯己定和甲硝唑，其中氯己定对革兰氏阳性菌、阴性菌及部分厌氧菌有抑制作用，甲硝唑则针对厌氧菌感染。但口腔念珠菌感染属于真菌感染，病原体为白色念珠菌，氯己定对其抑制效果有限。临床研究显示，单独使用该含漱液无法有效杀灭真菌菌丝及孢子，仅可能通过减少口腔内细菌数量间接改善局部环境。
治疗口腔念珠菌感染通常需使用制霉菌素含漱液、氟康唑胶囊或克霉唑片等抗真菌药物。对于免疫力低下或义齿性口炎继发的感染，还需配合碳酸氢钠溶液进行口腔pH值调节。若合并细菌感染，可在医生指导下将复方氯己定含漱液作为辅助治疗手段，但需注意连续使用不宜超过1周，以免破坏口腔正常菌群。
出现口腔黏膜白斑、灼痛等症状时，应及时到口腔科或感染科就诊。真菌培养和涂片检查可明确诊断，治疗期间需保持口腔卫生，避免滥用抗生素。哺乳期患者使用抗真菌药物前需告知医生，确保用药安全性。