肛瘘不治疗通常不会自愈，但存在极少数表浅瘘管可能暂时缓解的情况。肛瘘是肛周脓肿破溃或切开后形成的慢性感染性管道，多数情况下需要积极干预。
肛瘘的瘘管由内口、外口和窦道组成，内口多位于肛窦处，长期受到粪便污染和细菌感染，局部炎症反应持续存在。感染源未彻底清除时，瘘管难以自行闭合。部分患者外口可能暂时闭合，但内口未愈会导致反复感染，形成新的脓肿或破溃。长期未治疗的肛瘘可能出现窦道纤维化，管道壁增厚，进一步阻碍愈合。仅有极少数低位的单纯性肛瘘可能因感染轻微、引流通畅而暂时闭合，但复发风险较高。
建议确诊肛瘘后尽早到正规医院肛肠科就诊，通过肛周超声或磁共振检查明确瘘管走行。治疗以手术为主，如瘘管切开术、挂线疗法等，可有效清除病灶。日常需保持肛周清洁，避免辛辣饮食，规律排便以减少局部刺激。