黄连素一般可以用于治疗细菌感染引起的腹泻，但其他类型的腹泻可能不适用。该药物的主要有效成分为盐酸小檗碱，对大肠杆菌、痢疾杆菌等肠道致病菌有抑制作用。
细菌性腹泻患者遵医嘱服用黄连素片后，药物能够干扰病原菌的代谢过程，抑制细菌生长繁殖，从而缓解腹痛、里急后重等感染性腹泻症状。对于病毒性腹泻如轮状病毒感染，该药物无法杀灭病毒，治疗效果有限。此外，因受凉、饮食不当导致的非感染性腹泻，通常需要调节肠道菌群或止泻治疗，黄连素对此类腹泻的针对性较弱。
使用黄连素前需明确腹泻类型，血常规或粪便检查可帮助鉴别病因。若用药三天后仍存在水样便、发热等症状，应及时到消化内科就诊调整治疗方案。孕妇、溶血性贫血患者需慎用该药物，避免引发不良反应。