藿香通常不用于治疗口腔溃疡。口腔溃疡的发生多与局部创伤、免疫力下降、维生素缺乏或感染等因素相关，而藿香的主要功效集中在化湿和中、解暑发表等方面，其作用机制与口腔溃疡的病因关联性较弱。
从药物作用来看，藿香含有的挥发油成分主要作用于消化系统，可促进胃液分泌、改善胃肠功能。但对于口腔黏膜的修复并无直接促进作用。临床上治疗口腔溃疡常用西地碘含片、重组人表皮生长因子凝胶等具有局部消炎、促进愈合作用的药物，这些药物的作用靶点与藿香存在显著差异。
部分患者误将藿香正气水涂抹于溃疡面，这种做法可能产生刺激反应。藿香正气水含有乙醇及多种挥发性成分，直接接触破损黏膜可能引发灼痛感，延缓创面愈合。建议出现口腔溃疡时保持口腔清洁，避免辛辣刺激饮食，若溃疡持续2周未愈或反复发作，需及时到口腔科就诊排除白塞病等系统性疾病。