藿香正气水对缓解晕车晕船可能有一定辅助作用，但效果因人而异，不能作为主要治疗方式。晕车晕船属于晕动症，通常与前庭功能紊乱有关，而藿香正气水的主要功效在于解表化湿、理气和中。
从成分和作用机制分析，藿香正气水含广藿香油、紫苏叶油等挥发油成分，具有调节胃肠功能的作用。部分人群乘车船时伴随的恶心、呕吐等消化道症状，可能通过其理气和中的功效得到缓解。但该药物并非专门针对前庭神经系统失衡的治疗，对于眩晕、冷汗等典型晕动症症状改善效果有限。现代医学更推荐使用盐酸苯海拉明片、茶苯海明片等抗组胺药物，或东莨菪碱贴剂等针对性治疗。
若经常出现严重晕动症状，建议乘车船前避免过饱饮食，选择靠前通风座位，必要时在医生指导下使用地芬尼多片等前庭抑制剂。藿香正气水属于甲类非处方药，使用前需注意其酒精含量，避免与其他药物相互作用，儿童、孕妇及酒精过敏者慎用。