藿香正气水作为中成药，通常可以改善湿邪困阻中焦引起的消化不良症状，但需结合具体病因判断。该药物多用于外感风寒、内伤湿滞所致的胃肠不适，对功能性消化不良可能有一定缓解效果。
藿香正气水主要含藿香、苍术、陈皮等中药成分，在中医理论中具有解表化湿、理气和中的功效。对于因湿阻中焦导致的脘腹胀满、恶心呕吐等症状，其芳香化湿的特性有助于促进脾胃运化功能，改善食欲减退和食后饱胀感。现代药理学研究表明，方中陈皮、厚朴等成分能调节胃肠蠕动，茯苓、白术可增强消化酶活性。
但需注意器质性疾病引起的消化不良，如胃溃疡、反流性食管炎等，单纯使用藿香正气水可能延误病情。若出现持续上腹痛、呕血黑便或体重减轻等症状，提示可能存在消化系统器质性病变，应及时进行胃镜等检查。对于幽门螺杆菌感染相关的消化不良，需配合抗生素四联疗法。
服用藿香正气水期间应忌食生冷油腻食物，酒精过敏者需谨慎使用含酒精制剂。建议连续用药不超过3天，若症状未缓解或加重，应停用并就诊消化内科。治疗消化不良需明确病因，必要时可联合促胃肠动力药如多潘立酮、消化酶制剂如胰酶肠溶胶囊等进行综合治疗。