HPV疫苗一般可以有效预防其覆盖型别HPV病毒的传播，但无法完全阻断所有类型的HPV感染。其保护效果主要取决于疫苗种类和个体免疫状态。
HPV疫苗通过刺激机体产生针对特定HPV型别的抗体，从而在感染发生前提供免疫保护。例如，二价疫苗主要预防HPV16和18型，四价和九价疫苗覆盖更多高危型别。接种后，若人体接触到疫苗所覆盖的HPV型别，抗体可中和病毒，降低感染概率，进而减少病毒传播的可能性。临床研究显示，九价疫苗对覆盖型别HPV感染的保护效力可达90%以上。
不过现有疫苗并不能预防所有HPV型别，目前已知有超过200种HPV亚型，即使接种了九价疫苗，仍有约10%的高危型别未被覆盖。接种者仍可能感染其他型别HPV并进行传播。此外，疫苗对已存在的HPV感染无治疗作用，若在接种前已感染某型HPV，疫苗对该型别的传播无阻断效果。
为最大程度预防HPV传播，建议在首次性行为前完成疫苗接种。即便已完成接种，仍需配合使用安全套等物理防护措施，并定期进行宫颈癌筛查。疫苗接种需遵医嘱，对疫苗成分过敏或处于特殊健康状态者应咨询专业医师评估接种可行性。