艾滋病的治疗难点主要在于病毒特性复杂、药物局限性以及社会因素干扰等多方面，目前尚未找到彻底治愈的方法。现有疗法虽能控制病情，但仍面临病毒潜伏、耐药性、免疫修复困难等问题，需长期规范管理。
艾滋病病毒具有高度变异性，容易在复制过程中产生基因突变，导致抗病毒药物失效或疗效降低。即便采用联合抗逆转录病毒治疗，仍可能因患者依从性不足或药物不良反应而中断治疗，加剧耐药毒株的产生。部分病毒会整合到宿主细胞基因组形成潜伏库，现有药物无法识别和清除这类处于休眠状态的病毒，成为根治的主要障碍。
免疫系统损伤修复困难也是重要挑战，即便病毒载量被抑制至检测不到，被破坏的CD4+T淋巴细胞数量及功能难以完全恢复。患者免疫功能低下易继发机会性感染，如结核分枝杆菌、肺孢子菌等病原体感染，这类合并症治疗需多药联用，易与抗病毒药物产生相互作用。长期服药带来的肝肾毒性、代谢异常等副作用，严重影响患者生存质量。
社会歧视和心理压力导致部分患者隐瞒病情、拒绝规范治疗，偏远地区药物可及性差、治疗费用高等问题也制约疗效。目前医学界正通过开发长效注射剂、基因编辑技术清除病毒库、免疫调节治疗等手段寻求突破，但实现临床治愈仍需时日。建议感染者坚持规范用药、定期检测病毒载量和免疫功能指标，医疗机构需加强随访管理和心理支持，社会应消除歧视以提升治疗依从性。