安全期避孕法本身通常不会直接对身体造成伤害，但避孕效果受多种因素影响，可能导致意外怀孕风险增加。其安全性主要取决于使用者是否严格遵循计算规则以及个体生理周期的规律性。
安全期避孕法通过避开排卵期进行性生活来减少受孕几率，无需使用药物或器械，因此不会干扰内分泌或造成物理损伤。但女性排卵时间易受情绪波动、疾病、药物等因素影响，可能导致实际排卵提前或延后，此时单纯依赖安全期计算可能出现偏差。月经周期不规律（间隔小于25天或大于35天）的女性更不适合此方法，其意外妊娠率可达20%以上。
对于暂时无生育计划的伴侣，建议结合避孕套等屏障避孕法共同使用，既可提升避孕成功率，又能预防性传播疾病。若出现月经延迟超过7天的情况，应及时进行早孕检测。所有避孕方式的选择都需根据个体健康状况，在妇科医生指导下进行科学决策。