安全期避孕法并不适合所有人。其有效性高度依赖月经周期的规律性以及个人生理状况，部分人群使用后避孕失败的风险较高。
月经周期不规律的人群不适合采用安全期避孕法。安全期计算需要基于稳定的月经周期，若周期长短波动超过7天，排卵时间难以准确预测。例如多囊卵巢综合征患者常伴有月经稀发或闭经，其排卵时间具有较大不确定性。此外，近期分娩、流产或围绝经期女性也可能出现周期紊乱，导致安全期判断失误。
某些疾病或药物可能干扰排卵规律。甲状腺功能异常（如甲亢或甲减）会影响下丘脑-垂体-卵巢轴功能，改变排卵时间。正在服用精神类药物（如抗抑郁药）、激素类药物（如糖皮质激素）或接受化疗的人群，其内分泌系统可能受到干扰。急性疾病如重度肺炎、严重肝肾功能不全等应激状态下，也可能出现意外排卵。
哺乳期妇女需特别注意。虽然哺乳会抑制排卵，但产后月经周期恢复时间存在个体差异。完全母乳喂养且未添加辅食的情况下，产后6个月内避孕有效率约98%，但若每日哺乳间隔超过4小时或夜间哺乳间隔超过6小时，排卵可能提前恢复。部分产妇在月经复潮前就会发生排卵，存在意外妊娠风险。
建议采用安全期避孕法前，至少连续记录6个月经周期以确认规律性。对于存在内分泌疾病、近期经历重大生理变化或正在服用特定药物的人群，应优先考虑避孕套、口服避孕药等更可靠的避孕方式。任何避孕方法都应结合自身具体情况，在妇科医生指导下选择最适合的方案。