鼻咽镜检查过程中可能会存在一定的不适感，但多数患者可以耐受。检查前医生会使用表面麻醉剂减轻鼻腔敏感度，但操作时仍可能引起异物感或轻微疼痛。
检查时医生会将带有摄像头的细长软管从鼻腔缓慢插入，部分人可能感觉鼻腔发胀或酸胀。当镜体接触鼻咽部黏膜时，可能引发恶心反射，尤其是咽喉敏感者更易出现干呕。整个操作通常持续2-5分钟，过程中需保持头部固定，配合医生进行吞咽、鼓气等动作。若存在鼻中隔偏曲或鼻腔狭窄，推进镜体时可能出现短暂刺痛感。
检查结束后1-2小时内，少数人可能出现鼻腔干燥或少量血丝，通常无需特殊处理。建议检查前4小时禁食，避免检查时呕吐。若对疼痛敏感，可提前告知医生调整麻醉方案。检查过程中需用鼻呼吸，身体放松，过度紧张可能加重不适感。