结膜炎眼睛疼痛通常可以遵医嘱使用抗生素类、抗病毒类、抗过敏类、非甾体抗炎类以及人工泪液等药物进行治疗。具体用药需根据病因进行选择，避免自行盲目使用。
1、抗生素类药物
细菌性结膜炎引起的眼睛疼痛可遵医嘱使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液或氯霉素滴眼液等。这类药物能抑制细菌蛋白质合成，从而控制眼部感染，缓解充血和疼痛症状，使用前需清洁双手避免交叉感染。
2、抗病毒类药物
病毒性结膜炎患者可在医生指导下使用更昔洛韦滴眼凝胶、阿昔洛韦滴眼液或干扰素α2b滴眼液。此类药物通过干扰病毒DNA复制抑制病原体增殖，需严格遵循用药频次，治疗期间避免揉眼以防病毒扩散。
3、抗过敏类药物
过敏性结膜炎导致的眼痛可选用色甘酸钠滴眼液、奥洛他定滴眼液或盐酸氮卓斯汀滴眼液。这些药物能稳定肥大细胞膜，减少组胺释放，通常在接触过敏原前预防性使用效果更佳，需冷藏保存避免药物变质。
4、非甾体抗炎类药物
对于炎症反应明显的患者，医生可能会开具双氯芬酸钠滴眼液、普拉洛芬滴眼液等。这类药物通过抑制环氧化酶活性减少前列腺素合成，能有效缓解眼痛和异物感，长期使用需监测角膜情况。
5、人工泪液
玻璃酸钠滴眼液、聚乙烯醇滴眼液等能润滑眼表，缓解干眼症继发的结膜刺激症状。适用于各种类型结膜炎的辅助治疗，开封后需在1个月内用完以防污染。
用药期间应保持眼部清洁，暂停佩戴隐形眼镜。若用药3天后症状无改善或出现视力下降、畏光加重等情况，需立即停用并复诊。特殊人群如孕妇、儿童应在眼科医师指导下调整用药方案，部分滴眼液需通过按压泪囊区减少全身吸收。