疱疹性咽峡炎的治疗需根据症状和病情严重程度选择药物，通常以缓解症状、预防并发症为主。常见的治疗药物包括退热镇痛药、抗病毒药物、局部用药、抗生素（合并细菌感染时）以及中成药等，需在医生指导下使用。
1、退热镇痛药
疱疹性咽峡炎患者若出现发热或咽痛，可遵医嘱使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚口服溶液等药物缓解症状。这类药物通过抑制前列腺素合成降低体温，同时减轻炎症反应引起的疼痛，适用于体温超过38.5℃或疼痛明显的情况。
2、抗病毒药物
对于病情较重或免疫力低下的患者，医生可能开具阿昔洛韦颗粒、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物。需注意疱疹性咽峡炎多由柯萨奇病毒引起，此类药物主要用于抑制疱疹病毒属，需严格评估后使用。
3、局部用药
咽部疱疹破溃后可使用复方氯己定含漱液、开喉剑喷雾剂等局部药物，通过消毒杀菌和表面麻醉作用缓解疼痛。用药前需清洁口腔，避免进食刺激性食物，婴幼儿使用时需防止误吸。
4、抗生素
继发细菌感染时可选用阿莫西林颗粒、头孢克洛干混悬剂等抗生素。需通过血常规或咽拭子检查确认细菌感染后再使用，避免滥用导致耐药性，青霉素过敏者需更换大环内酯类药物。
5、中成药
板蓝根颗粒、蓝芩口服液等具有清热解毒功效的中成药可作为辅助治疗，但需注意辨证使用。儿童用药需严格按体重调整剂量，避免与西药发生相互作用。
疱疹性咽峡炎具有自限性，多数患者1周左右可自愈。治疗期间应保持口腔清洁，多饮水并进食温凉流质食物。若患儿持续高热不退、拒食或出现脱水症状，需立即就医。所有药物均需在儿科医生指导下使用，不可自行调整剂量或疗程，尤其是抗病毒药物和抗生素需严格把握适应症。