阴茎短小通常不会直接影响排尿功能，因为排尿功能主要由尿道、膀胱及相关的神经肌肉系统协调完成。但若存在其他伴随的解剖异常或疾病，则可能间接导致排尿障碍。
1、正常生理结构
排尿功能主要依赖于尿道通畅性和膀胱逼尿肌的收缩能力。阴茎的解剖结构中，尿道贯穿其中，只要尿道无狭窄或阻塞，即使阴茎短小也不会影响尿液正常排出。临床上绝大多数阴茎短小者排尿功能均正常。
2、尿道狭窄
少数情况下，阴茎短小可能合并先天性尿道狭窄或后天性尿道损伤。此时尿道内径变窄会导致尿线变细、排尿费力甚至尿潴留，需通过尿道扩张术或尿道成形术治疗。这种情况属于并发症而非阴茎短小本身导致。
3、神经源性膀胱
某些影响阴茎发育的疾病（如脊柱裂）可能同时损伤支配膀胱的神经，导致膀胱收缩无力或逼尿肌-括约肌协同失调。这类患者会出现排尿困难、尿不尽等症状，但核心病因是神经损伤而非阴茎尺寸问题。
4、先天性畸形
极少数严重阴茎发育异常者可能合并尿道下裂、尿道上裂等畸形。此类患者需要根据具体畸形类型进行手术矫正，如尿道成形术可同时改善外观和排尿功能。
如果存在排尿困难、尿线变细、尿频尿急等症状，建议及时到泌尿外科就诊。通过尿流率测定、超声残余尿量检测、尿道造影等检查可明确病因。日常应注意保持会阴清洁，避免因过度焦虑引发心理性排尿障碍。