疱疹性咽峡炎通常以对症治疗为主，常用药物包括退热药物、局部止痛药物、抗病毒药物等，需根据症状在医生指导下选择。由于该病多由病毒感染引起，目前尚无特效抗病毒药物，治疗重点在于缓解不适和预防并发症。
1、退热药物
若患儿出现发热，体温超过38.5℃时可遵医嘱使用退热药物。常见药物包括对乙酰氨基酚口服溶液、布洛芬混悬液等，需根据体重计算剂量。用药后需注意监测体温变化，避免短时间内重复给药。
2、局部止痛药物
咽部疱疹引起的疼痛可使用利多卡因凝胶局部涂抹，或使用复方氯己定含漱液等具有表面麻醉作用的药物缓解症状。喷剂类制剂使用时需注意避免呛咳，婴幼儿建议采用棉签蘸取涂抹。
3、抗病毒药物
对于重症病例或免疫力低下者，可考虑使用利巴韦林气雾剂等广谱抗病毒药物。但需注意此类药物可能引起骨髓抑制等副作用，需严格遵医嘱使用，普通病例不推荐常规使用。
4、补液治疗
对于因咽痛拒食导致脱水的患儿，需及时补充口服补液盐或静脉输液维持水电解质平衡。轻度脱水时可少量多次饮用温凉流质食物，如米汤、果汁等。
5、中药治疗
部分中成药如蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液等具有清热解毒作用，但需注意中药制剂可能引发过敏反应，使用前应咨询中医师，不可自行盲目用药。
疱疹性咽峡炎具有自限性，多数患儿1周左右可自愈。若出现持续高热不退、精神萎靡、尿量减少或抽搐等症状，需立即就医。治疗期间应保持口腔清洁，避免进食刺激性食物，注意隔离防止交叉感染。抗生素仅在有继发细菌感染证据时使用，不可随意服用。