巧克力囊肿通常可以通过药物治疗缓解症状，但无法根治。药物治疗适用于囊肿较小、症状较轻或术后辅助治疗的情况，具体需根据病情在医生指导下选择。
1、症状较轻
对于痛经、盆腔疼痛等症状不严重的患者，可遵医嘱使用地诺孕素片、孕三烯酮胶囊等药物抑制异位内膜生长，减轻疼痛。同时可配合布洛芬缓释胶囊等非甾体抗炎药缓解急性疼痛。
2、术后辅助治疗
手术后短期应用促性腺激素释放激素激动剂（如醋酸亮丙瑞林）可降低复发风险，一般需连续用药3-6个月。此类药物通过模拟绝经状态抑制内膜活性，需注意可能引发潮热等低雌激素症状。
3、囊肿较大或症状严重
当囊肿直径超过4厘米或存在不孕等情况时，药物治疗效果有限。此时需考虑腹腔镜手术切除囊肿，术后再配合药物巩固治疗。
药物治疗期间需定期复查超声和肿瘤标志物CA125，监测囊肿变化。若出现异常阴道出血或药物副作用难以耐受，应及时调整方案。所有药物均需严格遵循妇科医生指导使用，避免自行停药或更改剂量，以免影响疗效或导致病情反复。