芝麻菜一般没有绝对的食用禁忌，但存在过敏、甲状腺功能异常、胃肠疾病、肾功能不全以及孕妇等特殊人群需谨慎食用的情况。日常食用时需注意控制摄入量，避免诱发不适。
1、过敏
芝麻菜属于十字花科植物，部分人群可能对其中的某些成分过敏。过敏体质者食用后可能出现皮肤瘙痒、红肿、腹泻等过敏反应，严重时甚至可能引发呼吸困难。既往有蔬菜过敏史的人群应谨慎尝试。
2、甲状腺功能异常
芝麻菜含有硫代葡萄糖苷，可能干扰甲状腺对碘的吸收。甲状腺功能减退或正在接受相关治疗的患者，长期大量食用可能影响病情控制，建议每日摄入量控制在50g以内。
3、胃肠疾病
其含有的异硫氰酸酯会刺激胃黏膜，胃酸过多、胃炎或胃溃疡患者食用后可能加重反酸、烧心等症状。建议此类人群避免空腹食用，可将芝麻菜焯水后再烹调以降低刺激性。
4、肾功能不全
每100g芝麻菜含钾约369mg，肾功能衰竭患者过量摄入可能导致高钾血症。血钾水平异常者需限制每日食用量，建议单次摄入不超过30g，同时避免与香蕉、土豆等高钾食物同食。
5、孕妇
虽然富含叶酸和维生素，但其中含有的植物雌激素可能影响激素水平。孕妇每日摄入量建议不超过20g，妊娠期合并甲状腺功能异常或胃肠不适者应在妇产科医师指导下食用。
日常食用芝麻菜建议每日不超过100g，首次尝试者可先少量试吃。若出现恶心、呕吐或皮疹等不良反应，应立即停止食用并漱口。慢性病患者或特殊人群建议咨询营养科医师，根据个体情况调整膳食方案。