肠道菌群失调的治疗药物需根据具体病因和症状选择，常用药物包括益生菌制剂、益生元、抗生素（针对感染）、中药及止泻促消化药。患者应在医生指导下用药，避免自行调整剂量或疗程。
1、益生菌制剂
益生菌是调节肠道菌群的主要药物，例如双歧杆菌三联活菌散、酪酸梭菌活菌片等。这类药物通过补充有益菌群，抑制致病菌过度增殖，改善腹泻、腹胀等症状。活菌制剂需冷藏保存，避免与抗生素同服，建议餐后温水送服以增强存活率。
2、益生元
乳果糖口服溶液、低聚果糖等属于益生元类药物。它们通过促进双歧杆菌、乳酸杆菌等有益菌的生长，间接调节肠道微生态平衡。对于便秘型菌群失调患者效果显著，但过量可能引起腹部胀气。
3、抗生素
当明确存在细菌感染时，可短期使用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等广谱抗生素。需注意抗生素可能加重菌群紊乱，建议用药后及时补充益生菌。治疗期间需严格遵医嘱完成疗程，防止耐药性产生。
4、中药
参苓白术散、四君子汤等健脾益气类中药可通过调节胃肠功能改善菌群失调。需经中医辨证后使用，避免与抗生素同时服用，通常需连续调理2-4周观察疗效。
5、止泻药与促消化药
蒙脱石散可缓解急性腹泻症状，多潘立酮片能促进胃肠蠕动。这类药物作为辅助治疗手段，在控制症状的同时需配合病因治疗，不宜长期单独使用。
患者应避免食用辛辣刺激食物，保持规律作息。治疗期间建议记录排便情况及症状变化，定期复查粪便菌群检测。若出现持续性腹痛、血便或发热等症状，需立即就医排除其他肠道疾病。