土茯苓与茯苓的药动学特点存在一定差异，主要与其有效成分及作用途径有关。土茯苓的有效成分如黄酮类、皂苷类等吸收较快，可通过肠道迅速进入血液；茯苓的茯苓多糖等成分吸收较慢，需经肠道菌群分解后才能被利用。两种药材的代谢途径和靶器官分布特点也有所不同。
土茯苓中的黄酮类化合物在体内主要通过肝药酶代谢，原型成分及其代谢产物主要经肾脏排泄。其活性成分在炎症部位具有较高浓度，这与其清热解毒功效相关。茯苓中的茯苓多糖在肠道被微生物分解为短链脂肪酸后吸收，主要通过门静脉进入肝脏代谢，部分活性成分可作用于脾脏和免疫系统。
现有研究显示，土茯苓的有效成分半衰期约为5-8小时，生物利用度受煎煮时间影响较大。茯苓多糖的生物利用度约15-20%，但可通过配伍健脾药物提高吸收率。两者在体内的分布容积差异显著，土茯苓主要分布在肝肾组织，茯苓则更多分布于消化系统和免疫器官。
需要特别注意，中药的药动学研究受多种因素影响，包括药材产地、炮制方法和配伍方案等。临床使用时应遵循中医辨证原则，根据具体病症选择合适药材。两种药材虽名称相似，但功效主治不同，不可相互替代使用，建议在中医师指导下合理用药。