酸奶通常有助于改善肠道菌群，但其具体效果可能因产品特性及个体差异而有所不同。适量饮用含活性益生菌的酸奶，可能对肠道健康产生积极影响。
酸奶中含有的乳酸菌、双歧杆菌等活性益生菌，可在肠道内定植并抑制有害菌生长，从而调节菌群平衡。部分产品中添加的益生元如低聚果糖，还能为有益菌提供养分，增强其增殖能力。需要注意的是，益生菌存活率受胃酸影响较大，只有足够数量到达肠道才能发挥作用。此外，不同菌株的功能存在差异，并非所有酸奶都含有临床验证有效的特定菌种。对于乳糖不耐受人群，酸奶中的乳糖已被部分分解，可能比普通牛奶更易耐受，但过量饮用仍可能引发腹胀等不适。
日常建议选择标注“含活性益生菌”且低糖的酸奶，并注意冷藏保存以保证菌群活性。若存在严重肠道功能紊乱，仅依靠酸奶可能无法达到治疗效果，需及时就医并在医生指导下进行综合调理。