碳酸氢铵作为食品添加剂正常使用时一般不会影响骨骼健康，但长期或过量摄入可能干扰酸碱平衡，间接影响钙代谢。其分解产物可能增加肾脏负担，尤其肾功能异常者需谨慎。
碳酸氢铵在食品加工中主要作为膨松剂使用，进入人体后会分解为氨、二氧化碳和水。这些代谢产物通常可通过肾脏和呼吸排出体外，在常规摄入量下不会直接损伤骨骼结构。国际食品添加剂联合专家委员会评估其安全摄入量为每公斤体重0-70毫克，日常食品中的添加量远低于此标准。
对于骨骼健康的影响需关注钙磷代谢平衡。当人体长期摄入过量碳酸氢铵时，可能引起代谢性酸中毒倾向，为维持酸碱平衡，骨骼中的钙盐可能被动员参与缓冲作用。这种情况在已有骨质疏松风险因素（如绝经后女性、高龄人群）中更需注意。肾功能不全患者因排泄能力下降，更易出现氨蓄积及相关代谢紊乱。
建议日常注意食品标签成分表，控制含碳酸氢铵加工食品的摄入频率。保持膳食中充足的钙（如乳制品、深绿色蔬菜）和维生素D摄入，适度晒太阳，定期进行负重运动。若存在慢性肾病或骨质疏松高危因素，应在医生指导下调整饮食结构。