吴茱萸作为一味温里药，通常具有温中散寒、行气止痛、降逆止呕等功效，对于寒邪或气滞引起的消化不良可能起到辅助改善作用。其药性辛热，归肝、脾、胃经，需在中医辨证指导下使用。
1、温中散寒
吴茱萸能温煦中焦脾胃，化解寒湿邪气。对于过食生冷或脾胃虚寒引起的脘腹冷痛、食欲不振、大便溏泄等症状，通过驱散寒邪改善胃肠消化功能。
2、行气止痛
所含挥发油成分可调节胃肠平滑肌运动，缓解气滞导致的腹胀、嗳气等症状。对于情志不畅或饮食积滞引起的功能性消化不良，具有理气导滞作用。
3、降逆止呕
该药材的止呕特性有助于缓解消化不良伴随的恶心呕吐，其生物碱成分可通过调节神经递质减轻胃气上逆症状。
4、调节胃肠功能
现代药理研究表明，吴茱萸提取物可促进胃液分泌，增强消化酶活性，但作用强度弱于西药促消化剂，需配伍其他中药使用。
5、辅助促进消化
与生姜、党参等配伍时，可通过协同作用改善脾胃虚弱型消化不良，但需注意其辛燥之性可能加重阴虚火旺者的症状。
使用吴茱萸改善消化不良时，建议选择正规医疗机构配制的中药复方。因其具有小毒，需严格把握煎煮方法和剂量，单次用量不宜超过5克。湿热体质或存在胃食管反流等器质性疾病者应慎用，用药期间出现口舌麻木等不良反应需立即停用。