盐酸莫西沙星通常可以用于治疗细菌性扁桃体炎，但需在医生指导下使用。该药物属于氟喹诺酮类抗生素，主要针对敏感菌引起的感染，但并非所有类型的扁桃体炎都适用。
细菌性扁桃体炎多由A组β溶血性链球菌感染引起，盐酸莫西沙星对这类病原体具有抗菌活性。在患者对青霉素类药物过敏或存在耐药菌株时，医生可能考虑使用该药物治疗。但需注意，临床首选药物仍为青霉素或阿奇霉素等大环内酯类药物。
病毒性扁桃体炎占发病原因的70%-80%，此时使用抗生素无效。若患者出现咽痛、发热伴咳嗽、流涕等症状，可能为病毒感染，需通过咽拭子培养等检查明确病原体类型。盐酸莫西沙星不适用于病毒感染或非细菌性炎症。
用药前需评估患者年龄、过敏史及肝肾功能，18岁以下青少年、妊娠期妇女禁用该药。治疗期间若出现肌腱疼痛、神经系统症状应立即停药。建议患者遵医嘱完成疗程，避免自行调整剂量或提前停药导致细菌耐药。