全飞秒激光手术在严格掌握适应证的前提下通常是安全的，但手术风险与个体眼部条件、医生操作水平等因素相关。该手术属于微创操作，术后并发症发生率较低，多数患者可获得良好的视觉质量。
全飞秒激光手术采用飞秒激光在角膜基质层进行两次不同深度的切割，形成透镜状薄片后取出。这种技术无需制作角膜瓣，减少了角膜神经损伤，术后干眼症发生率较传统LASIK降低约60%。临床数据显示，95%以上患者在术后1周裸眼视力可达0.8以上，术后3个月视力稳定。手术安全性主要得益于飞秒激光0.1微米级别的切割精度，以及计算机三维立体定位技术，能有效避免人为操作误差。
术后并发症主要包括暂时性干眼（约15%-20%发生率）、眩光（约5%夜间驾驶者）、极少数可能出现角膜感染（＜0.1%）。这些并发症多与术前筛查不严格或术后护理不当有关。约90%的干眼症状可在术后3-6个月自行缓解，通过人工泪液可有效改善。
建议选择具备国家认证资质的眼科机构进行手术，完善的术前检查应包括角膜厚度测量、暗瞳直径测定、泪液分泌试验等18项以上眼部参数评估。术后需严格遵循医嘱使用抗生素滴眼液，避免揉眼、游泳等可能引发感染的行为，定期复查角膜愈合情况。