HPV感染通常不会直接影响艾滋病的治疗效果，但两者并存可能增加并发症风险，需加强综合管理。艾滋病患者由于免疫系统受损，HPV感染可能更持久且易引发相关病变，但规范的抗病毒治疗仍可有效控制HIV病毒载量。
艾滋病治疗的核心是抗逆转录病毒疗法，通过抑制HIV病毒复制来恢复免疫功能。HPV感染本身不会降低抗HIV药物的疗效，也不会干扰病毒载量的抑制进程。临床研究表明，HIV患者坚持规范用药后，其免疫重建效果仍能达到预期目标。
然而，HPV感染可能加重艾滋病患者的健康负担。HIV感染者合并HPV时，生殖器疣、宫颈癌等病变的发生率显著升高，尤其是CD4细胞计数较低的人群。这类并发症可能影响患者的整体健康状况，间接增加治疗难度。因此建议定期进行宫颈细胞学筛查、肛门HPV检测等早期干预措施。
对于同时感染HIV和HPV的患者，需在坚持抗病毒治疗的同时，通过冷冻、手术或局部用药等方式处理HPV引起的病变。保持良好的用药依从性、定期监测免疫指标，并避免高危性行为是降低双重感染风险的关键。若出现异常症状应及时就医，由专科医生制定个体化治疗方案。