HPV疫苗的保护时间通常较长，现有研究数据表明其有效性可能超过10年，但长期保护效果仍在持续观察中。接种后的具体保护时长会受到多种因素影响，建议定期进行宫颈癌筛查。
目前已有的研究显示，接种HPV疫苗后产生的抗体水平在10-12年内仍保持较高浓度。多项长期随访研究表明，二价和四价疫苗在接种后至少10年内未出现保护效力明显下降的情况，九价疫苗由于上市时间较短，其长期保护数据仍需进一步验证。世界卫生组织基于现有证据认为，HPV疫苗可能提供持久保护，不需要加强接种。
疫苗类型差异会影响保护时长。二价疫苗主要针对HPV16/18型，四价增加HPV6/11型的防护，九价疫苗覆盖7种高危型病毒。研究显示不同价型疫苗在预防相应型别病毒感染的效果持续时间基本相当。疫苗产生的免疫记忆反应可能在暴露病毒时快速启动保护机制。
个体免疫状态差异会导致保护效果不同。正常免疫人群接种后抗体应答良好，但免疫功能低下者可能产生抗体水平较低。吸烟、慢性疾病等因素可能影响免疫持久性。接种年龄对保护时长无明显影响，但建议在首次性行为前接种效果最佳。
现有证据表明HPV疫苗的保护作用可能持续数十年，但接种后仍需定期进行宫颈癌筛查。建议女性从21岁开始按照筛查指南接受细胞学检测，30岁后联合HPV病毒检测。保持良好的生活习惯，避免多个性伴侣等危险因素，可协同提升预防效果。