巴旦木通常有助于改善消化功能，其作用主要来源于膳食纤维、健康脂肪等成分。适量食用可为消化系统健康提供一定支持，但具体效果因人而异。
巴旦木富含膳食纤维，能够促进肠道蠕动并增加粪便体积，从而帮助缓解便秘问题。这类不可溶性纤维在肠道内形成网状结构，可加速食物残渣的排出过程。其含有的单不饱和脂肪酸具有润滑肠道的作用，能够减少食物通过消化道时的摩擦损伤。坚果中的镁元素参与超过300种酶反应，可调节肠道肌肉收缩节律，维持正常消化运动功能。
巴旦木皮中含有的益生元成分能为双歧杆菌等有益菌群提供养分，有助于维持肠道菌群平衡。研究发现每日摄入28克巴旦木可使肠道有益菌数量增加15%-20%。但需注意其外壳含有的植酸可能影响矿物质吸收，浸泡去皮可降低植酸含量。对于肠易激综合征患者，过量食用可能诱发腹胀等不适症状。
建议每日食用量控制在20-30克，约15-20粒。食用时应充分咀嚼以减轻胃肠负担，搭配足量水分摄入可增强膳食纤维作用。存在慢性消化道疾病者需咨询医生，避免空腹大量食用。储存不当产生哈喇味的巴旦木可能含有害物质，应避免食用。