疱疹性咽峡炎患者通常可遵医嘱使用抗病毒药物、解热镇痛药、局部治疗药物、清热解毒中成药以及电解质补液等进行治疗，但具体用药需结合病情和年龄调整。
1、抗病毒药物
疱疹性咽峡炎主要由柯萨奇病毒引起，若病情较重或合并其他病毒感染，可在医生指导下使用利巴韦林颗粒、更昔洛韦胶囊等抗病毒药物抑制病毒复制。需注意此类药物存在一定副作用，儿童使用需严格遵循剂量要求。
2、解热镇痛药
针对发热超过38.5℃或咽痛明显的情况，可选用对乙酰氨基酚口服溶液、布洛芬混悬液等儿童专用剂型进行退热镇痛。用药间隔需间隔4-6小时，24小时内不超过4次。
3、局部治疗药物
使用开喉剑喷雾剂（儿童型）、重组人干扰素α2b喷雾剂等直接喷洒咽部，可缓解黏膜充血和疼痛。西瓜霜含片等具有局部清凉作用的中药制剂也可辅助改善症状。
4、清热解毒中成药
蒲地蓝消炎口服液、蓝芩口服液等中成药具有抗炎、利咽功效，适用于咽喉肿痛明显的患者。但中药成分复杂，婴幼儿使用时需注意过敏反应监测。
5、电解质补液
对于因咽痛拒食或持续发热导致脱水的患者，可口服补液盐Ⅲ维持水电解质平衡，必要时需静脉补液治疗。
该病具有较强传染性，患者应居家隔离至疱疹完全消退。若出现持续高热不退、精神萎靡、尿量减少等重症表现，需立即就医。治疗期间需注意口腔卫生，选择温凉流质饮食，避免刺激性食物加重黏膜损伤。儿童患者用药需在儿科医师指导下进行，严禁自行调整药物剂量或疗程。