肾脏在蛋白质代谢中主要通过滤过、重吸收和排泄等功能参与代谢过程。当血液流经肾小球时，分子量较小的蛋白质可被滤出进入原尿，而肾小管上皮细胞又能将大部分滤过蛋白重吸收分解，同时通过调节酸碱平衡影响蛋白质代谢酶的活性。
肾脏通过肾小球的滤过作用，每日约有1-2克小分子量蛋白质进入原尿，这些蛋白质主要包括微球蛋白、免疫球蛋白轻链等。肾小管上皮细胞表面的megalin-cubilin受体复合物可特异性识别这些滤过蛋白，通过胞吞作用将其重吸收，在溶酶体内分解为氨基酸重新进入血液循环，每日约回收10-30克蛋白质分解产物。
在酸碱平衡调节方面，肾脏通过分泌H+和重吸收HCO3-维持血液pH值稳定。当机体处于代谢性酸中毒时，谷氨酰胺酶活性增强，促进肾小管上皮细胞分解谷氨酰胺产生NH3，此过程需要多种蛋白酶的参与。同时酸性环境会激活组织蛋白酶，加速细胞内的蛋白质分解代谢。
当肾功能受损时，蛋白质代谢会出现多重紊乱。肾小球滤过屏障损伤会导致大量蛋白质漏出形成蛋白尿，而肾小管重吸收功能障碍会使尿液中β2微球蛋白、α1微球蛋白等小分子蛋白显著增加。慢性肾病患者常出现肌肉蛋白质分解加速，这与酸中毒激活泛素-蛋白酶体系统、胰岛素抵抗等因素密切相关。
保持肾脏健康对维持正常蛋白质代谢至关重要。建议每日饮水量保持在1500-2000毫升，控制蛋白质摄入量在每公斤体重0.8-1.0克。对于已有肾损伤的患者，需定期检测尿微量白蛋白/肌酐比值，必要时进行低蛋白饮食联合α-酮酸治疗，以减轻肾脏代谢负担。