五子衍宗丸的副作用出现时间因人而异，通常与用药剂量、个人体质及用药周期有关。部分人群可能在服药初期出现不适，但多数情况下症状较轻微且可自行缓解。
五子衍宗丸作为中成药，其副作用的发生与个体对药物成分的敏感性密切相关。部分患者因脾胃虚弱，服药后可能出现消化不良、腹胀等症状，这类反应多发生在连续用药3-5天后。对于存在湿热体质的人群，长期服用可能加重口干舌燥等不适感，这类副作用通常在持续用药2周左右显现。若患者同时服用其他滋补类药物，可能因药物相互作用导致头晕、恶心等反应，这类情况在合并用药初期即可发生。临床数据显示，约85%的不良反应出现在服药一个月内。
服用五子衍宗丸期间应避免辛辣油腻饮食，忌烟酒。建议从小剂量开始服用，如出现皮疹、腹泻等持续不适症状，应及时停药并咨询中医师。需要长期用药者，建议每疗程结束后评估身体状况，必要时调整用药方案。特殊体质人群用药前应如实告知医生既往病史和用药史。