艾普拉唑的疗效通常更快，但具体效果因人而异。这两种药物均属于质子泵抑制剂，主要通过抑制胃酸分泌发挥作用，但药效持续时间、代谢途径等方面存在差异，需结合个人病情选择。
艾普拉唑的生物利用度较高，且对质子泵的抑制作用更持久，单次给药后可在2-4小时内达到血药浓度峰值，抑酸效果可持续约23小时。其代谢主要通过非酶途径，受个体基因差异影响较小。奥美拉唑作为第一代质子泵抑制剂，约1小时起效，抑酸持续时间约17小时，主要通过肝脏细胞色素P450酶系统代谢，易受其他药物或饮食影响。对于夜间酸突破现象，艾普拉唑的抑制作用更显著。
用药需严格遵循医嘱，长期使用可能引起维生素B12吸收障碍或低镁血症。治疗期间应定期监测胃酸分泌情况，避免与氯吡格雷等抗血小板药物联用。若出现心悸、皮疹等不良反应应及时就诊调整方案。