石菖蒲在中医理论中可能对特定类型的消化不良有一定调理作用。其药性偏辛温，归心、胃经，传统多用于痰湿阻滞或气滞引起的脘腹胀满等症状。现代药理学研究表明，该药材所含的挥发油成分能促进消化液分泌，但对胃动力调节的作用机制尚不明确。
从中医辨证施治角度，对于因湿浊中阻导致的食欲不振、脘闷腹胀，配伍苍术、厚朴等药物可发挥化湿和胃之效。但胃阴虚或实热证型的消化不良患者使用后可能出现口干舌燥等不良反应。临床数据显示，单用石菖蒲治疗功能性消化不良的有效率约为45%-60%，疗效存在个体差异。
使用含石菖蒲的中药制剂前，建议经中医师进行体质辨识。胃肠道溃疡活动期患者、妊娠期妇女应慎用。若服用后出现恶心、腹痛等不适症状，应立即停用并及时就医。日常调理可配合穴位按摩或饮食疗法，如按揉足三里、中脘穴等。