肠道菌群紊乱可以服用益生菌制剂、止泻药物、抗生素或是某些中药调理，需结合具体病情遵医嘱用药。
1、益生菌制剂
肠道菌群紊乱通常与有益菌减少有关，可遵医嘱使用双歧杆菌三联活菌散、酪酸梭菌活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌类药物，有助于补充肠道有益菌群，改善菌群失衡引起的腹泻、腹胀等症状。
2、止泻药物
若患者存在腹泻症状，可短期使用蒙脱石散、消旋卡多曲颗粒等止泻药物控制症状，但需注意蒙脱石散可能影响其他药物吸收，建议与其他药物间隔1-2小时服用。
3、抗生素
当肠道菌群紊乱由细菌感染引起时，需根据病原菌类型选择阿莫西林胶囊、头孢克肟片等抗生素治疗，但抗生素可能加重菌群失调，需严格遵疗程使用，避免滥用。
4、中药调理
中医认为菌群失调可能与脾胃虚弱有关，可遵医嘱使用补脾益肠丸、参苓白术散等中成药调理脾胃功能，但需注意中药疗效因人而异，不宜自行服用。
肠道菌群紊乱的治疗需明确病因，若症状持续或伴有发热、便血等情况，应及时就医。避免自行长期使用止泻药或抗生素，以免掩盖病情或加重肠道功能紊乱。