改善肠道菌群紊乱通常可以遵医嘱使用益生菌制剂、益生元以及调节脾胃功能的中成药等，但需根据具体病因选择合适的药物。
1、益生菌制剂
常见的有双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等，这类药物可直接补充肠道内的有益菌群，抑制致病菌过度繁殖，从而恢复肠道微生态平衡。对于抗生素相关性腹泻或消化不良引起的菌群失调较为适用。
2、益生元
如乳果糖口服溶液等，能够选择性刺激肠道内有益菌的生长，改善肠道环境。此类药物在调节便秘型肠功能紊乱时效果显著，同时不会干扰肠道正常吸收功能。
3、中成药
包括补脾益肠丸、人参健脾丸等，通过健脾益气、和胃化湿的中医原理，改善脾胃运化功能，间接调整肠道菌群结构。适用于长期饮食不节或脾胃虚弱导致的肠道功能紊乱。
日常应注意保持规律饮食，增加膳食纤维摄入，避免滥用抗生素。若出现持续腹痛、腹泻或便秘等症状加重，应及时到消化内科就诊，在医生指导下完善肠镜检查或粪便菌群检测，根据结果调整用药方案，切勿自行长期服用益生菌类药物。