肠功能紊乱患者一般可以遵医嘱服用调节肠道运动药物、缓解症状药物、调节肠道菌群药物以及抗焦虑药物等进行治疗。具体用药需结合症状类型及病因，在医生指导下选择。
1、调节肠道运动药物
肠功能紊乱可能伴随肠道痉挛或动力异常，可遵医嘱使用匹维溴铵片、枸橼酸阿尔维林胶囊等解痉药缓解肠道平滑肌痉挛。对于便秘型患者，马来酸曲美布汀片可通过双向调节作用改善肠道运动功能。
2、对症治疗药物
腹泻型患者可短期服用蒙脱石散吸附肠道毒素，配合复方苯乙哌啶片减缓肠蠕动。便秘型患者建议使用聚乙二醇4000散剂、乳果糖口服溶液等渗透性泻药，避免刺激性泻药长期使用。
3、肠道菌群调节剂
双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等益生菌制剂可改善肠道微生态环境，缓解腹胀、腹泻等消化不良症状，通常需连续服用2-4周。
4、辅助治疗药物
对于伴随焦虑、抑郁状态的患者，在精神科医生指导下可联合使用盐酸帕罗西汀片、草酸艾司西酞普兰片等抗抑郁药物，但需注意这类药物本身可能引起胃肠道反应。
肠功能紊乱患者应注意记录饮食与症状关系，避免摄入产气食物和刺激性饮食。药物治疗期间需定期复诊评估疗效，不建议自行更换药物或调整剂量。若症状持续加重或出现便血、消瘦等报警症状，应及时进行肠镜等检查排除器质性疾病。