功能性消化不良的治疗需根据具体症状选择合适的药物，一般可遵医嘱使用促胃肠动力药、抑酸药、消化酶制剂及抗焦虑药等，同时需结合生活调理改善症状。
1、促胃肠动力药
此类药物可增强胃肠蠕动，缓解腹胀、早饱等症状。常用药物包括多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片、盐酸伊托必利片等。例如多潘立酮能促进胃排空，改善上腹闷胀感，但需注意避免长期使用。
2、抑酸药
适用于伴有反酸、烧心等症状的患者，通过抑制胃酸分泌减轻胃黏膜刺激。常用药物有奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶胶囊等质子泵抑制剂，以及法莫替丁片、雷尼替丁胶囊等H₂受体拮抗剂。
3、消化酶制剂
针对食物消化功能减弱的情况，可补充胰酶、胃蛋白酶等成分。常用复方消化酶胶囊、米曲菌胰酶片、胰酶肠溶胶囊等，能促进脂肪、蛋白质分解，改善餐后腹部不适。
4、抗焦虑药
对于合并焦虑、抑郁状态的患者，短期使用氟哌噻吨美利曲辛片、劳拉西泮片等药物可调节脑肠轴功能，但需严格在精神科医生指导下使用。
患者应注意规律饮食，避免暴饮暴食及刺激性食物，进餐后适当活动。药物治疗需在排除器质性疾病后，由医生根据主要症状选择配伍方案，切忌自行联用多种药物。若症状持续超过2周或出现消瘦、黑便等报警征象，应立即进行胃镜等检查。