消化不良通常可以在医生指导下使用促胃肠动力药、消化酶补充剂、抑酸药、益生菌制剂以及中成药等进行治疗，需根据具体病因选择合适药物。
1、促胃肠动力药
这类药物通过增强胃肠蠕动，加速胃排空，改善腹胀、嗳气等症状。常用药物包括多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片、盐酸伊托必利片等，尤其适用于胃动力不足引起的消化不良。
2、消化酶补充剂
当胰腺分泌功能不足或进食过量时，复方消化酶胶囊、胰酶肠溶胶囊、米曲菌胰酶片等制剂可补充胰脂肪酶、胰蛋白酶，帮助分解食物中的蛋白质和脂肪，缓解餐后饱胀感。
3、抑酸药
对于伴随反酸、烧心的患者，奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等质子泵抑制剂可减少胃酸分泌，降低胃酸对黏膜的刺激，但需注意长期使用可能影响营养吸收。
4、益生菌制剂
双歧杆菌三联活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等能调节肠道菌群平衡，改善因肠道微生态紊乱导致的腹胀、腹泻，建议与抗生素间隔2小时服用以保证疗效。
5、中成药
保和丸、枳术宽中胶囊、香砂六君丸等具有健脾和胃、消食导滞作用的中成药，适用于脾胃虚弱型消化不良，服用期间需忌食生冷油腻食物。
出现消化不良症状时，建议先调整饮食结构，采用少食多餐方式，避免高脂、辛辣食物。若症状持续2周以上或伴有呕血、黑便、消瘦等情况，需立即就医进行胃镜等检查。所有药物均需在专业医师指导下使用，避免自行联用多种药物加重胃肠负担。