肛镜检查的不适感因人而异，但多数患者可以耐受。通常检查过程中会出现轻微胀痛或异物感，若患者能放松配合医生操作，多数不适在可接受范围内。若存在肛门疾病或过度紧张，可能会加重不适。
检查过程中产生的不适主要与操作有关。医生会将润滑后的肛镜缓慢插入肛门，此时肛门括约肌受到牵拉可能引发胀痛感，但操作时间通常较短，多数患者在1-2分钟内即可完成检查。对于肛门较狭窄或存在肛裂的患者，可能暂时出现较明显的疼痛。
个体差异对检查体验影响较大。痛觉敏感人群可能对器械刺激反应更明显，但医生通常会根据患者情况调整操作手法。对于特别紧张的患者，可采用侧卧位配合深呼吸来放松盆底肌肉，这能有效减轻检查时的牵拉感。若确实存在剧烈疼痛，需立即告知医生停止操作。
存在肛周病变时会增加检查难度。急性痔疮发作期或肛裂患者，接触肛镜可能诱发较强烈疼痛，此类情况医生会评估是否改用指检或肛门镜替代检查。检查前进行局部麻醉可帮助敏感患者减轻不适，但需提前与医生沟通确认。
建议检查前做好肠道准备排空大便，穿着宽松衣物方便检查。检查过程中保持平稳呼吸，避免突然扭动身体。若既往有肛门手术史或肛周疾病史，应提前告知医生。完成检查后出现轻微肛门坠胀多属正常现象，通常1-2小时可自行缓解，若持续疼痛或出血需及时就诊。