藿香正气水一般不能用于治疗蚊虫叮咬。该药物属于中成药，主要功效为解表化湿、理气和中，适用于外感风寒、内伤湿滞或夏伤暑湿所致的感冒，临床表现为头痛昏重、胸膈痞闷、脘腹胀痛、呕吐泄泻等症状。
蚊虫叮咬后出现的红肿、瘙痒属于皮肤局部过敏反应，通常需要采取抗过敏治疗措施。藿香正气水所含的广藿香油、紫苏叶油等成分主要作用于胃肠道系统，其药物配方的针对性并不包含皮肤过敏反应的治疗机制。目前尚无权威临床研究证实其对蚊虫叮咬引发的组织胺释放有抑制作用。
对于蚊虫叮咬后的皮肤症状，建议使用炉甘石洗剂进行局部止痒处理，若出现明显红肿可短期外用氢化可的松乳膏。若叮咬部位发生继发感染，表现为化脓、疼痛加剧等症状，应及时就医进行抗感染治疗。日常预防蚊虫叮咬，可通过穿着长袖衣物、使用驱蚊剂等物理防护措施实现。
需特别注意的是，将内服药物外用于皮肤可能引发接触性皮炎，表现为用药部位红斑、灼热感等不良反应。如出现严重过敏反应如呼吸困难、全身性荨麻疹等急症表现，应立即前往急诊科就诊。